System obsługi dokumentów musi zapewniać kontrolę nad autoryzacją, która pokrywa wszystkie zadania klasyfikacji oraz przetwarzania, występujące w systemie zarządzania dokumentami. Autoryzacja systemowa może być podzielona na dwa niezależne zadania:

1.    Kontrola dostępu do dokumentów.

2.    Kontrola możliwości wykorzystania dokumentów, np. dwóch użytkowników ma dostęp do tego samego dokumentu polecenia zakupu, ale jeden z nich ma uprawnienia do dodawania, modyfikowania i edycji dokumentu, drugi natomiast może tylko czytać dokument. Zazwyczaj w niestrukturalnym środowisku pracy nie stosujemy jednej lub nawet obu form kontroli, w efekcie każdy z użytkowników ma identyczne, nieograniczone prawa do dokumentów.

Kolejnym wyzwaniem jest przekazanie możliwości nadawania uprawnień administratorom systemu oraz końcowym użytkownikom. Jeżeli administratorzy zarządzają dwoma poziomami zabezpieczeń, szybko stają się wąskim gardłem systemu, ponieważ muszą kontrolować autoryzację dla wszystkich dodawanych dokumentów. Jeżeli uprawnienia kontrolują tylko użytkownicy końcowi, bezpieczeństwo systemu może być zagrożone, ponieważ użytkownicy mogą nadawać uprawnienia do edycji oraz usuwania dokumentów w momencie, gdy powinni nadać uprawnienia tylko do odczytu. Bezpieczeństwo i autoryzacja dokumentów staje się jeszcze bardziej krytyczna w przypadku wykorzystania Extranetu gdzie osoby niezatrudnione powinny mieć odpowiednio ograniczone uprawnienia do dostępu i przeglądania dokumentów firmy.

Najefektowniejszym sposobem kontroli nad autoryzacją jest rozdzielenie kontroli pomiędzy administratorów oraz zarządców treści. Zarządca treści kontroluje dostęp do dodanych dokumentów, a administrator systemu prawa dodawania, usuwania, modyfikowania oraz przeglądania w systemie.

W systemie FileHold administrator zarządza dostępem do systemu kontrolując, którzy użytkownicy / grupy użytkowników mogą czytać, dodawać, modyfikować oraz usuwać zawartość. Zarządcy treści kontrolują dostęp do dokumentów, które dodali. Metoda ta zapewnia prawidłowe przypisanie praw użytkownikom w systemie.