Usuwanie dokumentu w systemie FileHold jest dwuetapowe. Po usunięciu pliku przez użytkownika następuje jego usuwanie z biblioteki, jest on jednak widoczny dla Administratora biblioteki w sekcji Administrator biblioteki > Narzędzia > Odzyskaj dokumenty. W tej sekcji, Administrator może wybrać pliki, które powinny zostać przywrócone. Administrator biblioteki może określić ilość dni, przez którą dokument ma być jeszcze widoczny dla administratorów. Po upłynięciu tego czasu następuje fizyczne usunięcie dokumentu.